Rumah Sakit Jiwa Ambon adalah salah satu rumah sakit jiwa yang dibangun pada masa kepemimpinan Prof. dr. Kusumanto di Direktorat Kesehatan Jiwa Depkes RI. Rumah Sakit Jiwa mulai beroperasi sebagai Rumah Sakit Jiwa Kelas B dengan kapasitas ruangan dengan 54 tempat tidur dan dibangun di atas lahan seluas 442 m2.

Kendala utama dari rumah sakit ini adalah kendala geografis. Maluku dikenal sebagai provinsi “Seribu Pulau”, dengan luas wilayah 851.000 KM2 dan dengan jumlah penduduk sebesar 1.852.723 jiwa. Secara fungsional kendala utama adalah terjadinya beberapa kali kerusuhan dengan akibat, banyaknya pegawai yang berpidah kerja dan terjadinya gangguan jiwa yang khas. Sehingga sejak tahun 2002 dibuka sebuah Trauma Center oleh Pemda dan Dinas Kesehatan setempat.

Pembangunan Rumah Sakit Jiwa Pusat Ambon dimulai Tahun Anggaran 1981/1982. Rumah Sakit Jiwa Pusat Ambon mulai beroperasi berdasarkan Surat Keputusan Kakanwil Depkes Provinsi Maluku Nomor: 874/Kanwil/TU/II/1985 tanggal 14 September 1985 dan diresmikan oleh Menteri Kesehatan RI saat itu Bapak dr. Adhyatma, MPH pada tanggal 12 Oktober 1990.

Pada tahun 2001 Rumah Sakit Jiwa Pusat Ambon diserahkan dari Pemerintah Pusat; dan menjadi UPT Dinas Kesehatan Provinsi Maluku sebagai pusat rujukan kesehatan jiwa di Provinsi Maluku.

Sesuai dengan Peraturan Daerah Provinsi Maluku Nomor : 04 Tahun 2007 tentang pembentukan organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah Provinsi Maluku maka Rumah Sakit Jiwa Provinsi Maluku diganti menjadi Rumah Sakit Khusus Daerah (RSKD) Provinsi Maluku dengan Struktur Organisasi sebagai berikut ini :

Pimpinan RSKD Provinsi Maluku:

1985-1989 : dr. Yusman Efendi, Sp.KJ
1989-1999 : dr. J.J Thomarius, Sp.KJ
1999-2000 : dr. Jonly Indra, Sp.KJ (Plt.)
2000-2003 : Dra. Winangsih (Plt.)
2003-2019 : dr. David Santoso T, Sp.KJ., MARS
2019-2020 : dr. Zulkarnaini, M.S., Sp.JP., FIHA (Plt.)
2020-2021 : dr. David Santoso T, Sp.KJ., MARS (Plt.)
2021-Sekarang : dr. Sherly Yakobus, Sp.KJ