Pembangunan Rumah Sakit Jiwa Ambon dimulai tahun anggaran 1981/1982 Rumah Sakit Jiwa Pusat Ambon mulai beroperasi berdasarkan surat Keputusan Kakanwil Depkes Provmal Nomor : 874 / Kanwil / TU / II / 1985 tanggal 14 September 1985 dan diresmikan tanggal 12 Oktober 1990 oleh Menteri Kesehatan RI (Bapak Dr. Adhyatma, MPH). Pada tahun 2001 Rumah Sakit Jiwa Pusat Ambon diserahkan dari pemerintah Pusat dan menjadi UPT Dinas Kesehatan Provinsi Maluku sebagai pusat rujukan kesehatan jiwa di Provinsi Maluku. Sesuai dengan Peraturan Daerah Provinsi Maluku No 04 Tahun 2007 tentang pembentukan organisasi dan tatakerja lembaga teknis Daerah Provinsi Maluku, maka Rumah Sakit Jiwa Ambon diganti menjadi Rumah Sakit Khusus Daerah Provinsi Maluku. Untuk pengembangan manajemen rumah sakit melului sistem regulasi perumah sakitan RSKD Provinsi Maluku memiliki izin Operasional Rumah Sakit Nomor 445/2004.
Pimpinan RSKD Provinsi Maluku:
1985-1989 : dr. Yusman Efendi, Sp.KJ
1989-1999 : dr. J.J Thomarius, Sp.KJ
1999-2000 : dr. Jonly Indra, Sp.KJ (Plt.)
2000-2003 : Dra. Winangsih (Plt.)
2003-2019 : dr. David Santoso T, Sp.KJ., MARS
2019-2020 : dr. Zulkarnaini, M.S., Sp.JP., FIHA (Plt.)
2020-2021 : dr. David Santoso T, Sp.KJ., MARS (Plt.)
2021-Sekarang : dr. Sherly Yakobus, Sp.KJ

Users Today : 14
Users Yesterday : 67
Users Last 30 days : 1215
Users This Month : 462
Users This Year : 12104
Total Users : 50930
Views Today : 61
Views Yesterday : 138
Views Last 30 days : 2377